甘肃官吏就跑到古浪、凉州等地衙门质问，结果一路上遇到的官差都推诿责任，为自己洗脱罪名，在永昌被衙役打伤赶了出去，回程路过山丹卫时，伤者乞求入城治疗遭到拒绝，最终伤重不治死在了路上。
于是，甘州、肃州诸卫人马愤怒地向永昌、凉州等地的衙门和卫所杀去，导致甘肃镇爆发了大规模内讧，各卫之间大打出手，为了抢夺粮食相互厮杀。
杜弘域率靖虏卫镇守庄浪，施凤来、张显谟、张辇等也毫不过问，全都冷眼旁观，坐山观虎斗。
甘肃镇内讧历时数日，死伤几千人，凉州、永昌、镇番、山丹四卫被击溃，溃兵部分逃到庄浪被收编，部分逃到宁夏加入刘拾遗的光复军。
甘肃几卫抢夺了粮草，但没熬两天就消耗完了，于是群情汹涌杀奔到庄浪城下要粮。
杜弘域与甘肃镇那些人可没什么交情可言，便严词拒绝。
甘肃边兵愤而攻城，杜弘域督军防守，甘肃边兵数战不得，在庄浪城下留下数百具尸首后悻悻离去。
随后施凤来停止所有供给，宣布甘肃镇各部边兵叛乱。
甘肃镇边兵失去了粮饷补给和朝廷领导彻底变成了一盘散沙，只能和流贼一样四处劫掠、流窜。
紧接着，各部义军进犯关中，爆发第二次关中之战。张辇集结陇西各部官兵，亲自督师攻打占据秦州的义军王大梁部，意图打通去往关中的道路以策应关中战事。
王大梁为了阻击陇西官军，不断向秦州、徽州增兵。马守应派遣部将贺双全、兴加哈利率军出固原直逼巩昌府。刘拾遗为了策应关中战场也派遣人马过靖远威胁兰州。
陇西官兵面对各路义军的巨大压力，便再也没有精力去顾及甘肃镇这边了。
此时，被郑三儿打败的鄂尔多斯部与被林丹汗打败的科尔沁部正在河套会盟，获悉陕西各地消息后，当即决定西迁。
奥巴、孔果尔、额璘臣、沙克察等率科尔沁部、鄂尔多斯部及部分土默特部共二十余万人组成的蒙古大军从居延海破边而入。
此时的凉州卫、永昌卫、镇番卫辖地已经没有了守军，蒙古大军轻松入塞。
蒙古大军毫不恋战，趁此空虚之际直往西行，经永昌翻越祁连山脉进入青海。
进入青海后，奥巴、孔果尔、额璘臣、沙克察等部与原本就生活在青海地区的青海蒙古诸部为了争夺水源、草场等发生摩擦，爆发了多次大规模的冲突战事，也就无暇再去招惹大明，大明西宁、河州等地免遭袭扰，使得施凤来、张辇无需分心，可以专心对付大明内部的义军和叛乱。
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