于是，孙传庭决定剿抚并重，一方面派军封锁太行山各处险要，切断山中义军的补给来源，另一方面到处张贴告示，将官府政策广而告之，并挑选当地百姓上山劝诱亲人回家。
这一招着实还是有点效果的，许多义军小卒听闻风声后纷纷下山逃回家，一见果真如此便留在家中不再上山。有些下山的跑到官府或者军营告知山上情况，官府也直接赦免他们的罪名，遣返归家。
消息在山中传开，各路义军内部出现了巨大的动摇。
有些小支义军每天都有人跑掉，很快就原地自行解散了。有些义军发生内讧，通天柱、掌世王两人就因为内斗被手下所杀，手下拿着他们的人头直接下山到官府拿了悬赏就回家。
虽然这种方式耗时漫长，但不需要耗费士兵的血汗生命去攀山攻坚，孙传庭也非常乐见其成的。
不过有时候老天爷也会给人开点玩笑。
山西官府接纳了大量从陕西逃难过来的流民，而山西的义军中还有不少陕西籍的义兵，一些流民就会偷摸上山寻亲，投奔义军。然而，这时候的陕西爆发了瘟疫，随着流民传播到山西，又随之传播到山中的义军身上。
在山下，官府早早收到了皇帝的圣旨和朝廷的指示，齐心协力组织抗疫，病人有大夫郎中诊断、有药物治疗，进行隔离阻断，道路有官兵封锁，很快就把疫区控制在山西南部，没有大规模传播到山西其他地方。
而山中的义军天天生活在一起、挤在一起，细菌病毒滋生，各种交叉感染，天气一转暖，疫病立刻就集中爆发开来。在山上缺乏治疗，缺乏药物，而鼠疫一旦感染，发病极快，死亡率极高。
一时间许多发病之人纷纷逃离义军队伍，跑下山寻求医治，但很多都没撑住发病死在了半道上，那一段时间，平顺县和壶关县一带的山道上时不时就可以看到紫黑发臭的尸体。
而那些成功活着下了山的人则是被送到隔离营寨进行隔离治疗。接着越来越多义军走出太行山向官军投降，并乞求得到治疗，无一例外全都被送去隔离。
眼见山中瘟疫肆虐如此严重，孙传庭也不敢让属下官兵进山围剿，便全都停在山下等着义军出来投降。直到一个月后再也没见到有人从山中出来，便找来之前投降的义兵带路，带着锄头、铁锹和石灰上山，将死在山路上的尸体挖坑洒上石灰然后掩埋。
最后在引导下找到义军营寨，却发现外面静悄悄一片，没有一个人影，攀上墙头打开寨门才发现里面的人早已病发死去，整座寨子臭气熏天，蝇虫弥漫。
无奈之下，官兵只能一把火把寨子连同腐烂发臭的尸体一起点燃烧掉。
后面再找到了其他几个山寨，有些已人去寨空，有些已经自行放火焚毁，有些也如前面的寨子一样全部死于瘟疫之手。
终于，山西义军或降、或逃、或死于瘟疫，全都自行溃散，至此山西民乱基本平定。
于是，孙传庭率晋绥军进入陕西。
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