特别是在台湾岛上屯垦的各部。杨天生和陈衷纪都是愿意追随郑芝龙，同在岛上的何斌和郭怀一既不愿意投效朝廷，也不愿意跟着刘香，就选择投靠到荷兰人那边求得安身。
前首领李旦之子李国助不愿看到兄弟相残，凭着父亲的余威和声望，也聚集了一批愿意追随他的人，便带着人驾船离去，到琉球、日本一带寻生计去了。
刘香极为痛恨官府，拒绝投降朝廷，带着杨六、杨七、钟斌、李魁奇直接与郑芝龙决裂。
南居仁、南居益、南居业于天启九年正月全部上任后。南居业在南京工部调集资源，南居仁统筹浙江地区的人力物力，开始集中力量于舟山岛建设水寨、港口、造船厂，南居益负责组建“东海水师”。
早在天启四年九月，南居益时任福建巡抚，就已经整顿福建水师打败荷兰人，收复了澎湖。当时的福建水师也是颇为精锐，但自从南居益升迁工部侍郎，就又开始逐渐懈怠糜烂。再到天启七年，时任福建副总兵的俞咨皋在漳州府诏安县铜山被郑芝龙击败，所部全军覆没，福建水师精锐也损失殆尽。
南居益无奈，只能调集浙江水师、福建水师、南直隶水师进行整顿改编。把报废船只拆除，利用木料修补尚好的船只；成立造船厂、建设大型船坞，建造修补战船；效仿当年戚少保招募浙江沿海居民训练为水手。
三人之中，最头疼的就是南居仁，他是负责后勤调度，人力、资源都好说，大明什么都缺，就是不缺人、不缺工匠人才，南方也不缺造船要用的木料。目前最主要的就是缺钱！
之前南居益担任户部左侍郎就已经见识到了太仓的窘迫。然后皇帝在各地改革军政，几次大案中抄家搜刮得来钱财也是流水一样花销。南居益巡抚浙江第一件事就是裁撤冗官冗员、彻查空员空饷，开源节流，节省开支。
到南居仁接手，府库中好不容易积攒的几十万两银子及皇帝从内帑调拨了三百万两，投入到舟山岛基础设施建设和组建水师，也就是扔到水里，只听了个响。
面对如此巨大的花销，普通百姓已经够苦了，不能再从百姓头上搜刮，南居仁抓头挠耳，好不容易想了些法子敛财。
第一是裁撤卫所。目前浙江都司是十六个卫所，在前期南居益已经查空员空饷的基础上，南居仁把已经不满编或缺员严重的卫所裁撤合并；
第二是灵活运用海关税收。
根据朝廷制定、还未正式颁行的《海税法（试行）》，海商关税按照商品货物种类不同，征收最低一成到最高六成的关税。
南居仁设立浙江海关后规定：以最低三千两价格发放出海凭证的船只，税率不变；以五千两价格发放的税率打八折；以一万两发放的打五折；以两万两发放的打三折；一次性交纳五万两的，三年免税。
第三是竞标造船许可。
前期山东已经完成了海关的设立，开始海税的征收，大量士绅地主也凭着雄厚的经济实力投资出海行商。
民间的造船业也逐渐兴旺起来，官府考察有实力、有技术的船工船匠，颁给他们造船许可，征收一定的商税。
浙江这边大把有雄厚资本实力的船工船匠，南居仁便放出限量造船许可，通过竞标来获取。
通过这一系列政策措施南居仁短时间内就筹集到大量资金投入到下一步的建设生产中。
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